蕅益大師本姓鐘，字素華，晚年才自號蕅益老人。他的祖籍是吳縣（今江蘇蘇州市），父親叫鐘岐仲。鐘岐仲向來信奉佛法，崇敬佛教，堅持修持《大悲咒》。這樣，在整整十年之後，他的妻子金氏突然夢見觀音大士抱著一個英俊爽邁的小男孩送給她，她便感夢而孕。等到十月懷胎之後，終於一朝分娩，生下的便是後來馳名遐邇的蕅益大師。

蕅益大師年僅七歲的時候，就從誦佛持咒的父親接觸佛法。長時間的耳濡目染，使他漸漸地養成了甘食蔬菜瓜果，而不嗜好腥膻葷血的習慣。他長大到十二歲的時候，跟隨塾師開始研讀儒家經典。時間久了，漸漸地以聖賢之學自任，擯棄了昔日學習的佛法。

為了表達自己堅定的從儒求經的決心，蕅益大師特地寫了一部《闢佛論》，多達幾十篇。除此而外，他竟然一改過去的習慣，開始喝酒、吃肉，完全將佛門戒律棄置一邊了。

後來，蕅益大師在一次極偶然的機會，碰到了兩本弘揚佛法、宣揚戒律的書籍。一本叫《蓮池自知錄》，另一本叫《竹窗隨筆》。它們是明代高僧蓮池的大作。這兩本書一下子就吸引住了蕅益大師，並打動了他的靈魂，從而決定了他一生的人生追求和人生道路。於是，他把《闢佛論》付之一炬。

在他二十歲時，曾經試圖詮釋儒家經典《論語》。當他詮釋到「天下歸仁」一句時，竟然彷徨失措，左右為難，不敢下筆。上述小事件再次在蕅益大師的內心激起重重漣漪，內心的思想鬥爭如翻波湧浪，以至廢寢忘食，面壁思考。正好就在這一年，一直都修佛念咒的父親魂歸西天，蕅益大師開始誦念《地藏本願經》，為自己的父親早日超度、再生佛國，盡自己的一份孝心。漸漸地，他產生了出家事佛的想法。

此念一生，蕅益大師便堅持每天吃齋念佛，修煉身心，並將以前所著的各種文章，盡行焚燬，以示自己重新做人的決絕態度。

這樣，蕅益大師在憂鬱、彷徨三年時間之後，偶然聽到一名法師講說《楞嚴經》時說到「空生大覺」的時候，心中頓生疑情，自問：「因何空能生此大覺，世界與虛空又從何而生？」內心鬱悶，竟無法修學。來到佛像座前，發願說，自己願意以身捨佛，皈依佛門。之後，他便在睡夢之中夢見自己不期而遇鼎鼎大名、如日中天的憨山大師。禮拜罷，蕅益大師流著眼淚，請教憨山大師：「我為什麼這麼法緣淺薄，和大師相見得這麼晚？！」

憨山大師說：「這是苦果。你應該參悟苦因。」沒等憨山大師的話說完，蕅益大師馬上請求道：「弟子我立志追求佛法上乘，而不想只局限在四諦之中！大師，您給我指示光明大道吧！」憨山大師卻淡淡地說：「我很高興你有這樣的向上求佛的志向！」說完，便不再多說些什麼。蕅益大師苦苦哀求，終不能得到首肯——正在哀求之時，突然覺醒過來了。

醒轉之後，蕅益大師回憶夢中情景，歷歷在目，情不能已，思念備切，就要尋找寺院，剃度出家。但是，此時，憨山大師卻遠在廣東曹溪（在今廣東曲江縣東南）寶林寺，蕅益大師便師從憨山大師的高徒雪嶺禪師剃度，終於了卻心願，成為一名僧侶。

明熹宗天啟二年（公元1622年），蕅益大師來到雲棲寺，聽古德法師講說《唯識論》，卻又懷疑它與《楞嚴經》的宗旨不相脗合，就請教古德法師說：「性、相二宗，內容不能統一，我內心裡感到很奇怪。難道說佛法還有兩種嗎？」古德法師一聽，無言以對。蕅益大師便昂首挺胸，步出山門，逕直來到徑山，專心坐禪。這樣堅持了一年時間下來，便覺得自己佛法日漸進益，形體虛空，以至於身心世界，一齊消殞，而有關性、相二宗（空宗與相宗）的疑惑，也都大徹大悟。

到天啟四年（公元1624年），蕅益大師受比丘菩薩戒，更加精勤努力，參悟佛法，誦讀律藏。不多久，他的母親病重的消息傳來，蕅益大師就師從古人，傚法先賢，割下自己臂膀上的血肉，摻和在藥草之中，用來給他的慈母治病，希望能夠憑藉自己割股療親的孝情，挽救慈母的生命。但是，無奈慈母西歸之限已經到來，所以，蕅益大師雖孝情感天，悲泣鬼神，卻到底沒有能夠挽留住他母親的生命。

蕅益大師埋葬了慈母，就在吳江（今江蘇吳江）閉關禪定，立志徹悟。但就在這時，蕅益大師竟然生病了，而且病得不輕。他卻絲毫也沒有動搖自己參禪求佛的心思，一心一意地為自己往生淨土而修研。等到他的病體稍微好轉了一些之後，他便構築法壇，修持《往生淨土咒》，堅持了七天七夜。然後，他說了一首長長的偈頌：

稽首無量壽，拔業障根本，

觀世音勢至，海眾菩薩僧。

我迷本智光，妄墮輪迴苦，

曠劫不暫停，無救無歸趣。

劣得此人身，仍遭劫濁亂，

雖獲預僧倫，未入法流水。

目擊法輪壞，欲挽力未能，

良由無始世，不植勝善根。

今以決定心，求生極樂土，

乘我本願船，廣度沉淪眾。

我若不往生，不能滿所願，

是故於娑婆，畢定應捨離。

猶如被溺人，先求疾到岸，

乃以方便力，悉振暴流人。

我以至誠心，深心迴向心，

燃臂香三柱，結一七淨壇。

專持往生咒，唯餘食睡時，

以此功德力，求決生安養。

我若退初心，不向西方者，

寧即墮泥黎，令疾生改悔。

誓不戀人天，及以無為處，

折伏使不退，攝受令增長。

蕅益大師在這前後的兩年時間裡，足不出戶，一心修習。等到證通參透之後，便向南遊方，橫渡蒼茫大海，來到洛迦山（即普陀山，在浙江舟山市普陀區）上，頂禮膜拜這座佛教四大名山之一的佛光寶華之地。回來之後，他便開始住持龍居寺。

在這裡，蕅益大師對佛法律學的墜廢頗為感慨，就立志要弘揚律法，並以此自任。為了實踐自己這一宏大志願，蕅益大師便著述了一部《毗尼集要》，緊接著，他又打算註釋《梵網》。在動筆之先，他點燃檀香，跪奉佛祖，請求佛祖明示自己究竟以修持佛教中的哪一門派為好。禱告完畢，他拈到的正是天台宗的木簽。於是，他便集中心力，全心全意地參證天台教義。

不久，蕅益大師又來到九華山（在安徽青陽縣）這座佛法勝地，居止在華嚴庵，著作《梵網合註》，終於全部完成。

蕅益大師律義十分精嚴，但他自認為躬行不夠，不足以為人表率，一直不敢妄為人師。他曾經親自在佛祖神像前祈禱、卜告，叩問自己從和尚往下，菩薩沙彌、優婆塞（男居士）等種種身份與地位，自己應該居處於哪一等次。神明指示，他居處於菩薩沙彌之位。這樣，蕅益大師便謹遵神命，終身不曾為任何人受戒。

之後，蕅益大師歷經溫陵（今福建晉江縣）、漳州（今福建漳州市）、石城（今江西石城縣）、長水（在今河南洛寧縣）、新安（今河南新安縣）等地，最終來到靈峰寺（在今浙江安吉縣）居止。

當時，修習禪宗的人大多認為淨土宗是教中權要，人們遇到念佛求法的信徒，多請求他們參究其中教義。可是，蕅益大師卻獨持一見，認為持名一法，就是圓頓心宗，大異眾人之心。

這時，有個叫卓左車的人，他曾經設置了四個問題，來詰難蕅益大師，但是大出他意料之外的是，蕅益大師口若懸河，滔滔不絕，將這四個看似困難，實則互相關聯的問題，一清二楚地一一答對出來，令卓左車大為嘆服，人們更是欽敬不已。

卓左車的四個問題是：

什麼是念佛求法門中向上一招的修習道路？

怎樣才能夠做到「離四句而絕百非」？

什麼是念佛求法的人終極準則？

什麼是混淆是非的人腦後一槌？

蕅益大師的回答是：「向上修研的佛法，既非禪宗修行法門，也不是淨土宗的修行法門；但它卻又既是禪宗的修行法門，也是淨土宗的修行法門。一個人剛說及參究之事，便已是偏離正道。果真是一位大丈夫的話，就應該真切地想念佛法上乘。把自己的一顆真心看作佛，而且，你這顆真心便正是佛！如果你有一絲念頭和佛相隔，不能通融貫達，便不足稱為真修行。我們誦念佛法三昧，如果始終與佛毫無間隙，又何須詢問這些問題呢？

所謂往生淨土，便正是學佛之人的終極法則。在我們內心，要做到沒有念外之佛，也沒有佛外之念。能夠自始至終念佛，便能早在下手之時，就不至於落入四句、百非的邪魔之中去。

我們努力修行，以致通身上下，無不畢露眼前，只要能夠看見阿彌陀佛一隻毛孔的光亮，便能夠洞見十方無量諸佛；只要能夠往生西方極樂世界的一方淨土，便能夠再生十方佛國。這也是向上求佛的一條道路。

如果已經拜求得彌陀佛現於眼前，就不要再說什麼自性彌陀；既然已經捨棄西方淨土，就不要再說唯心淨土。這便是混淆錯訛的一大公案。

佛經上說：「三賢十至住果報，唯佛一人居淨土。」這便是學法之人的腦後一槌。只要我們深切地相信這些，依信起願，依願起行，那麼，我們心目中的無量如來，便會念念流註出來，即使坐在十方微塵國土之內，也會轉大法輪，照耀千古，震驚大千世界。所有這些，只要我們發諸心源，哪裡還需要向外索求呢？！

蕅益大師金口瀉珠，不絕如縷，直聽得人們如癡如醉，欽服不已。

到了清王朝世祖皇帝順治十年（公元1653年）的冬天，一代高僧蕅益大師顯露出小疾病來。於是，他便預先向弟子們叮囑後事，說：「在我圓化之後，就把我焚化掉，然後將那些骨灰碎屑，施撒到流水之中就算了。」

到第二年的正月二十一日 ，蕅益大師終於西歸佛國淨土。他的靈龕在寺中停留兩年之後，門人弟子準備遵照他的遺囑焚化。但是，當人們打開靈龕時，卻驚異地發現，盡管七百多個日日夜夜悄然逝去，蕅益大師的面容卻絲毫不見腐爛，一如當年他活著時的模樣；尤其令人驚嘆不已的是，大師的頭髮，卻一如既往地生長著！兩年未曾剃削，竟然長可覆耳！豈不是咄咄奇事？！焚化之後，大師的牙齒也不曾有絲毫毀壞。

種種神異，瑞應昭人，使得門人弟子們怎麼也不忍心遵從大師的遺言將他的骨灰拋灑到河水之中去了。大家就一齊將蕅益大師的靈灰收攏起來，塔葬於靈峰寺內。

蕅益大師世壽五十七歲，僧臘三十四年。

大師生平著述十分豐富，竟然多達四十餘部。其中包括《楞嚴經玄義》、《法華文句》、《法華玄義》、《楞伽經義疏》、《唯識心要》等等，不一而足。而在所有這些著述中，又尤以《彌陀要解》和《提持淨土》最為簡潔、切要。至於《淨信堂集》，更是風行當時。

蕅益大師就在圓寂前夕，還曾經書寫了一首偈子，用來贈別眾人：

生平過失深重，猶幸頗知內訟，

渾身瑕玷如芒，猶幸不敢覆藏。

藉此慚愧種子，方堪寄想樂邦，

以茲真言苦語，兼欲告誡諸方。

不必學他口中，瀾翻五宗八教，

且先學他一點，朴朴實實心腸。