太極元年（712），義淨大師七十八歲高齡，身體出現了病症。大眾已經在準備他的後事，弟子崇勗為他畫了像。七月，唐睿宗禪位於太子玄宗。八月三日，玄宗即位，尊睿宗為太上皇。睿宗皇帝看到義淨大師的畫像後，親自為義淨大師作了一篇「讚」。後來，義淨大師的病越來越重，便上書想回齊州老家，畢竟葉落歸根。次年春節剛過，正月六日睿宗皇帝便特下誥命，允許其返鄉養病。然無常不期，義淨大師「道茂年衰，卒難勝致，氣力漸劣」。中旬七日，便要來紙筆，於是給諸弟子寫了遺書，曰：

吾聞乾為天也，坤為地也。百億日月，翕闢照山河；百億閻浮，幽明成晝夜。死生常道，唯聖人之能逾；衰變恆然，豈凡夫之能越？吾漸微弱，汝等未安，慮忽臨終遺書敘意。吾稟氣山嶽，養志經書，錯綜古今，搜求圖籍。七歲念文舉之俊，念之日，不獨天生；十二見甘羅之才，念之日，應同我輩。英達君子，雖未當仁；博識丈夫，應權而動。少尋周孔，以禮樂為常；長習老莊，將恬淡而為樂。於國有益，於人甚安。不知過去之因，不說未來之果。研精失慮，據賾求微。枯木死灰之言，何足鑿其心眼；玉藻金縢之典，詎可瑩其精神。乍北乍南，每作棲遑之客；或隱或處，頻尚虛白之心。

發願出家，投身入道，一歸緇侶，再沐皇恩。屬天子高居，公卿政事。盛揚佛日，自漢魏而不同；虔奉釋文，與周隋而全別。思之琳遠，希欲連蹤；想之騰澄，無妄接影。三藏教跡，將漢地而未圓；十二部經，想中天而可取。年始一十有七，思游五印之都；歲臨三十有七，願到雙林之境。哀別南去，遠達西征；海路波濤，關山險阻。歷三十之外國，將四百之真經。願為眾生，志存翻譯。辭八相之靈塔，歸九洛之神州。天子親迎，群公重法。歡心役思，盡力妄疲。五聖天波，常遭覆蔭。

百年天命，漸自衰微。佛說涅槃，流傳十二分教；餘見將死，寧無一二之言。遙想前途，不知幾里；又思生路，不知何年。吁吁嗟嗟！至無至之處所，到不到之境界。取證可知，生不生之形骸。於心尚惑，事既忩迫，恐無暇言。所譯之經，虔敬無盡；未翻之典，愧恨彌深。不得盡本心，不得終本願，不知天之故奪，不知神之故為。桑公俞附之醫，昔年何有；扁鵲葛洪之手，今日何無。石火流光，光銷難續；水花發彩，彩不久停。負氣吞聲，銜悲茹泣。情既恨恨，乃述言焉。弟子門人，不可具載，略而書矣，望遣傳燈。

學戒學律之徒，莫違微細；學論學經之輩，須識邪疑。三學總成，佛之上願。一行偏善，吾未喜焉。具圓之人，觸犯須慎。近圓之者，尊卑有方。講律之流，願無休恩。傳經之士，冀見奉行。若為寺主綱維，盡身盡命荷護。僧徒慈仁慈忍，尼眾禁戒分明，大須堅固。汝等如吾言，行吾法：吾若為石為土也，即為汝之屋宅；吾若為楸為柏也，覆蔭汝之形容；吾若為神為鬼也，即益資汝之精氣；吾若為花為藥也，即加備汝之靈壽；吾若為天為人也，即以甘脆為汝之飲食；吾若得道得果也，即以威神令汝之安樂。

汝若違吾語，失吾言：吾若為石為土也，汝死而不為丘墓；若為楸為柏也，汝死而不為棺槨；若為神為鬼也，為崇而不為荷護；若為花為藥也，為毒而不為氣力；若為天為人也，為惡而不為安穩；若得道得果也，怖汝心而為伴為侶。慈之若此，悲之如斯。崇慶、崇勖、元廓、玄秀、玄睿、慧神等，聰明稟氣，特達奇神。須存鑿壁之功，無使面牆有分。剝皮為紙，昔菩薩之大心；重法傳經，在汝等之用意。

吾自病已久，鎮臥床枕，既不瘳損，無復聊生。惠奭、悟道以下，返道小者，扶侍辛苦，慚愧唯深。文藝最處老生，汝等偏須優愛。梵本先有表文，付智積、才藝等。百德豐碑，須為我立。衣缽錫杖，持律者收。吾別有語，已屬才藝。京城貞法師、莊法師、傘法師、恆律師、昭上座、海都師等，天骨神授，器深智達，為眾生之眼目，作佛法之棟樑。吾貴之重之，感通千萬。東京玄秀、懷秀十二，及諸州弟子門人法明、敬忠、慧福等，雖不相見，如上處分。齊州孤妹諸親眷族，並言好住。慧日、阿湛，相去既遠，吾何忘之。各寫一本，待諸後人。知吾之情，稟吾之意，汝等努力，吾亦自憂耳！

義淨大師臨終的遺言，寫盡了他一生的追求與信念，從始至終。從七歲開始，他就是一個天賦異稟的小孩，肩比古時的文舉、甘羅。在土窟寺跟隨善遇、慧智大師學習，博學古今。因善遇大師精通各種內外之學，故義淨大師也聰穎好學，異於常倫。發願出家之後，精進研學，從漢魏初傳之佛典，一直到北周、隋朝直至他生活的唐朝流傳的佛藏經典，無不研讀。

即便如此，義淨大師還認為他所學的佛學並沒有圓滿傳承「三藏十二部一切經典」，還須從中天竺取得更多。因此十七歲便發此志願西行求法，但直到三十七歲才成行。他告別眾親，歷盡千險，途經三十餘國，取回了四百多卷佛經，並願為眾生去翻譯。「天子親迎，群公重法」，在遺書中，義淨大師又一次提及了則天皇帝親迎的厚待，以及各位王公大臣的重視。義淨大師為佛法而鞠躬盡瘁，耗盡了一生的心血而歡喜不已！面對自己即將燈滅，甚感遺憾，恨自己終不能完成自己所願，「所譯之經，虔敬無盡；未翻之典，愧恨彌深」，惜嘆人生短暫，無常迅速。同時，義淨大師還不忘勸誡後面的僧人們要努力學習佛法精要。