藥師佛十二大願：

第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時。自身光明熾然。照曜無量無數無邊世界。以三十二大丈夫相八十隨好莊嚴其身。令一切有情如我無異。

第二大願：願我來世得菩提時。身如琉璃內外明徹淨無瑕穢。光明廣大功德巍巍。身善安住焰網莊嚴過於日月。幽冥眾生悉蒙開曉。隨意所趣作諸事業。

第三大願：願我來世得菩提時。以無量無邊智慧方便。令諸有情皆得無盡。所受用物。莫令眾生有所乏少。

第四大願：願我來世得菩提時。若諸有情行邪道者。悉令安住菩提道中。若行聲聞獨覺乘者。皆以大乘而安立之。

第五大願：願我來世得菩提時。若有無量無邊有情。於我法中修行梵行。一切皆令得不缺戒具三聚戒。設有毀犯聞我名已。還得清淨不墮惡趣。

第六大願：願我來世得菩提時。若諸有情。其身下劣諸根不具。丑陋頑愚盲聾瘖啞攣躄背僂白癩癲狂種種病苦。聞我名已一切皆得端正黠慧。諸根完具無諸疾苦。

第七大願：願我來世得菩提時。若諸有情。眾病逼切無救無歸無醫無藥無親無家貧窮多苦。我之名號一經其耳。眾病悉得除身心安樂。家屬資具悉皆豐足。乃至證得無上菩提。

第八大願：願我來世得菩提時。若有女人。為女百惡之所逼惱。極生厭離願捨女身。聞我名已一切皆得轉女成男具丈夫相。乃至證得無上菩提。

第九大願：願我來世得菩提時。令諸有情。出魔罥網。解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林。皆當引攝置於正見。漸令修習諸菩薩行速證無上正等菩提。

第十大願：願我來世得菩提時。若諸有情。王法所錄。縲縛鞭撻系閉牢獄或當刑戮。及餘無量災難凌辱悲愁煎迫。身心受苦。若聞我名。以我福德威神力故。皆得解脫一切憂苦。

第十一大願：願我來世得菩提時。若諸有情。飢渴所惱。為求食故造諸惡業。得聞我名專念受持。我當先以上妙飲食飽足其身。後以法味。畢竟安樂而建立之。

第十二大願：願我來世得菩提時。若諸有情。貧無衣服。蚊虻寒熱晝夜逼惱。若聞我名專念受持。如其所好即得種種上妙衣服。亦得一切寶莊嚴具華鬘塗香鼓樂眾伎。隨心所玩皆令滿足。

持誦藥師咒的利益：

一、利他

親人好友生病難過，可為他持咒，每次持咒108遍，加持在病人的藥物、食物或煮開的水裡給病人服用，可以幫助病人脫離病苦恢復健康。為病人持咒治病，最好能夠先洗澡漱口，保持身口的清淨。

二、自利

自己生病依前面方法為自己解除疾病。多念藥師咒可以無病延年，常保健康。

三、往生藥師佛淨土

念藥師咒命終可以往生美麗的藥師如來淨土，不會有墮落三惡道的恐怖，也不必再來人間受冷暖之苦。