「南謨薄伽伐帝，鞞殺社窶嚕，薜琉璃，缽喇婆，喝囉闍也，怛陀揭多耶，阿囉喝帝，三藐三勃陀耶。怛侄他：唵！鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝，娑訶！」

向來以為咒是秘密藏，持念就好，不可求解；其實咒語大部分都可以解釋，只有極少幾句在可解與不可解之間。「南謨」，即皈依、皈命的意思。「薄伽伐帝」，為薄伽梵的異譯，也即是世尊。「鞞殺社窶嚕」，是藥師。「薜琉璃」，即是琉璃。「缽喇婆」，是光。「喝囉闍也」，是王。「怛陀揭多耶」，是如來。「阿囉喝帝」，是應（供）。「三藐三勃陀耶」，是等正覺。

這幾句綜合起來，即是：‘皈命世尊藥師琉璃光王如來、應、等正覺。’以下才是真正咒心：「怛侄他」，就是‘即說咒曰’的意思。

「唵」，應讀作嗡音，意義很多。（一）、皈依義，即是集中身心而向於三寶；

（二）、警覺義，提起注意；也就是把精神集中起來，注意一個地方。「鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社」，即是說：藥！藥！藥！「三沒揭帝」，即是普度，普遍救度一切眾生之義。「娑訶」，也作‘娑婆訶’，意思是速得成就。

此咒上半是皈依藥師如來，祈求加被；下半是說用藥治療一切眾生病苦，希望立即痊癒。

佛教中的咒語，形式大多如此，一開頭就是歸依什麼佛或什麼菩薩，如大悲咒的‘南無喝囉怛那哆囉夜耶’等，即是歸依三寶，歸依聖觀音菩薩的意思，往生咒的‘南無阿彌多婆夜’，即是歸依阿彌陀佛；還有善天女咒，以及其他許多咒語，也都以歸依為開始。

持咒到底是否靈驗？這當然有其潛在難思的作用，不過也有條件。在特殊情況下，危急臨頭，專誠懇切，念起來就每有效用。或者是經很長的時間，每日精勤持念，才能發生神效。有人持大悲咒，十年或廿年，得到神驗，可以為人治病，一念就發生作用，這是恆久受持的關係。有的人臨時念幾遍，心不專切；或斷斷續續受持，沒有恆心，所以不會靈驗。如打太極拳，時間短暫，不曾多練習，對身體毫無用處；若時間長久，而能無間練習，自然可以出功夫。

持咒與念佛，都要持久，要一心專念。不過念經念佛與念咒，多少有些不同。念經要了解經義，念佛也要明瞭佛的名號及其本願功德；念咒則不然，咒的含義非常多，不必了解，行者只須集中精神持念就行。雖然不能了解其中意義，但有一潛在的力量。這種力量，隱而不顯，看不見，想不透，而作用卻非常大。

我們持念藥師咒，依此咒的力量，就可與藥師如來的願力相交感，而得消除病患。這如世間人，有時用說話，或用通訊，可以詳盡地表白意見，使對方明瞭；可是有時，彼此預先有了密約，或只用一句話，或符號，或密碼，外人雖然不懂，但他們兩者間，卻能藉此互達情意。藥師咒，就是我們眾生有病痛時，向藥師如來懇求救濟的一種密碼；我們不一定了解其中意義，只須至心持念，自然就會與藥師如來的慈悲願力發生交感作用，使我們達到消除病苦的目的。其他咒語，凡有不可解的地方，我們都應作這樣的理解。