《藥師懺》中列述眾生無始以來有十六種病：

1.  貪瞋嫉妬之病

2.  憍慢自傲之病

3.  不識善惡之病

4.  不信罪福之病

5.  不孝五逆之病

6.  破辱三寶之病

7.  不修齋戒之病

8.  破犯尸羅之病

9.  自讚毀他之病

10.  貪得無厭之病

11.  迷聲逐色之病

12.  貪香愛觸之病

13.  信邪倒見之病

14.  躭淫嗜酒，放逸無度之病

15.  設復遇醫，授與非藥之病

16.  無餘量災難陵辱，悲愁煎逼，身心受苦之病

藥師如來慈悲大醫王，應病設十三種藥：

1.  慈悲喜舍是藥

2.  忍辱柔和是藥

3.  正信三寶是藥

4.  勤修福慧是藥

5.  六波羅蜜是藥

6.  飽餐甘露是藥

7.  貪求法味是藥

8.  修真養氣是藥

9.  返本還元是藥

10.  有過能改是藥

11.  善巧方便是藥

12.  不動聲色是藥

13.  清心斷欲是藥

常用如是等藥搗篩和合，時取服之。

眾生若病，應同一病；眾生須藥，應同一藥。若說多法，是名顛倒；若據一乘實相而言，則何增何減，何垢何淨，何善何惡，何罪何福，何病何藥？

觀昔方便，如夢中人，夢身患病，求醫服藥，而得除愈。及其夢醒，則悟本來無病，無病亦無，而況醫藥？

故眾生之病，同一幻病；如來之藥，同一幻藥。故知如來說法，一相一味。所謂解脫相、離相、滅相，究竟涅槃，終歸於空。如一雲所雨，而藥樹大小，各得滋茂。