1935年6月,一批佛學理論水平較高的18名學僧圓滿畢業。後因院、寺兩方意見相左,且經費拮据而告停辦。1946年10月,虛雲老和尚法駕蒞潮,並於開元寺啟建水陸法會,寺眾懇請虛老出面,請智誠法師主持開元(智誠法師,江蘇泰州籍,於1933年承太虛法師命任嶺東佛學院監學,後辭職,至潮安縣庵埠住持靈和寺,1937年於寺內閉般若關,歷時三年餘,刺舌血書寫《大方廣佛華嚴經》全部,現存開元寺,為鎮寺之寶。智老和尚於1994年圓寂,德化所被,四眾尊仰 。),1947年9月陞座蒞任,即於寺內藏經樓恢復嶺東佛學院,至1948年5月,因種種緣由,智誠和尚辭職,佛學院亦隨之停辦。
1991年5月,定然老和尚榮任開元寺住持。他鑒於全國各地寺院相繼修復開放,而僧才奇缺,出現青黃不接的局面,提議復辦嶺東佛學院,得到了省、市宗教局等各級政府部門的大力支持和海內外擴法居士的熱心資助。1991年10月復辦,經過嚴格把關,招生錄取,第一屆學院正式開學。至今已畢業了三屆,第四屆將於1999年6月份圓滿學業。嶺院復辦後,定然老和尚任第一任院長(1991、10-1997、3)。第二任院長、開元寺方丈弘澈大和尚,1997年3月蒞任至今。
院刊為《人海燈》