(一)位於廣東曲江縣東北。以雲門宗之祖雲門文偃居此而稱名於世。文偃初參睦州道明，後至雪峰謁義存，領得玄要。旋承敏禪師之後，住韶州靈樹寺。未久，遷於此山，再興廢址，建立新堂，號光泰禪院。後改稱證真寺、大覺寺、雲門寺。以其教化及於四方，禪徒輻輳，門風甚盛，遂依宗名而名此山為雲門。［景德傳燈錄卷十九、古尊宿語錄卷十八、禪林僧寶傳卷二、五燈會元卷十五］

(二)位於山東益都縣南約三公里。又稱雲峰山。西與馱山隔谷相對，東南扼劈山之通道。因與馱山皆存有隋唐時代之石刻佛像而著名。山中有龍潭，山頂巉岩突兀，上有祠廟。斷崖之南有洞門，可通於山頂，水經註載其「山窟洞開，望之如門」，遂有云門之名。山之內壁有小佛像三十尊，為隋代所造。小佛中有開皇十七年（597）、十八年之銘文。［古今圖書集成職方典第二二○、中國佛教史跡評解卷四］

(三)位於浙江紹興縣南十八公里。又稱東山。山中有云門寺，為東晉安帝時所建。唐代僧智永嘗居此三十年。此外，鄰近復有顯聖寺、雍熙寺、普濟寺、名覺寺等。［大明一統志卷四十五、大清一統志卷二二六］ p5335