位於江蘇吳縣。相傳系東晉末年，司空陸玩捐宅第改建而成。於梁武帝天監年間（502～519），將之擴充為秀峰寺。據傳為大哀經（竺法護譯）中所述之智積菩薩應化之道場。唐玄宗天寶年間（742～755），天台宗中興之祖道遵曾在此地修法華三昧。宋初，一度為律宗寺院，元豐年間（1078～1085）改為禪院。

寺內有一座九層塔，據傳系宋太平興國年間（976～983），孫承祐所建。明神宗萬曆二十八年（1600）夏，其木造部分因雷擊而焚燬，現僅存磚砌塔身。清咸豐十年（1860），由於太平天國之兵火，寺內建築，除九層塔外，大半焚燬。宣統三年（1911），真達住持本寺，與妙真協力大舉復興堂捨，殿宇漸全，躍為江南名剎。

民國二十年（1931）中日戰爭後，我國當代淨土宗高僧印光大師常住於本寺，更於二十六年冬定居於此，遠近緇素一時蔚集。印光參照百丈清規以來各類叢林規約，製定靈岩山寺共住規約、念佛堂規約、僧值規約等各項修行念佛之嚴格規定，而使本寺成為我國第一座嚴禁講經、傳戒、傳法、收徒、經懺等事，而專修稱名念佛之淨業叢林。二十九年，印光示寂於此，荼毗後得五色舍利，奉置寺中。今有印公紀念堂。1949年後，本寺以妙真為住持，仍維持印光手定規約與念佛修行、不涉世事之型態。［中國佛教發展史（中村元）］ p6944