本尊者，本有而於出世間為最勝最尊者。大日經本尊三昧品，以本尊之字、印、形三者，各立為二。(一)字之二種：(1)觀字義，阿字是菩提心，故即向阿字觀自性清淨之菩提心。(2)唱阿之聲，唱之如鈴鐸之不絕，以此聲調出入之息。

(二)印形之二種：(1)有形，形者，青黃等色、方圓等形、屈伸坐立之類。印者，所執之印，如金剛杵之類。即初心者先於心外觀有形之畫尊，藉此以漸入無形。(2)無形，後漸淳熟，又以加持力故，本尊自然顯現於心，與心相應，而於心外無緣。

(三)本尊形之二種：(1)非清淨，即初心者初觀有相之尊，藉此而漸入無相清淨處，然以本尊為有相故，稱為非清淨。(2)清淨，即由有相進入無相清淨處，而寂然無相，是為清淨。［大日經疏卷二十］p222