四川尼眾佛學院本著佛陀說法之次第而建立了戒學、俱舍、唯識、中觀之教學體系,故佛學院課程的設置便是圍繞這一體系,循序漸進,由淺入深,先易後難的次第而進行。
同時佛學院除教授上述體系外,並學習天台教儀,以明白天台智大師用「五時八教,一心三觀」來判釋世尊言教,修行位次之嚴密完整。「心佛及眾生,是三無差別」眾生是迷之佛,佛是覺悟之眾生。故佛學院授大乘起信論,來提高學僧的本覺與始覺,使之合二為一而成究竟覺。對於南傳上座部之法寶清淨道論,法句經,也必須研讀,來體會禪定之境界。為了使學僧有一個全面的發展與提高,課程以經律論所詮之戒定慧為中心,同時還授古代漢語、佛教文學、英藏語、財會、書法等課程。
總上所述,教學體系之內容包含了三大語系佛典,使學僧了解了佛法的全貌與次第。十分之七的課時研讀佛學,十分之三學習文化,以達到佛學,文化知識的全面提高,以適應當今佛教,社會的發展,更好地為佛教事業服務。學修一體——戒為師
佛學院的學僧,必須嚴格尊守學院各項制度。(如學生守則,課堂、上殿、過堂、會客、請假、衛生、出坡等)。這也是學院的戒。學僧概不應酬經懺佛事,因為佛法不是商品。正因為如此,使得正信修道之道風,精進不懈之學風,與純淨和合之文風在佛學院勃然興起。做到了學僧生活叢林化,叢林學院化。達到了佛學信仰,修持與知識同步增長的目的。