蕅益大師倡禪教律三學一源之說，三學之結穴歸根則在念佛一門。念佛三昧名寶王三昧，三昧中王，凡偏圓權實之種種三昧，無不從此三昧中流出，亦無不還歸此三昧門。淨宗念佛法門圓頓之要旨，體現出廣度利鈍眾生的善巧方便。

當時有卓左車居士以崇禪抑淨之心，投書問難於大師 ：「如何是念佛門中通身入理向上一路，直踏毗盧頂上行作略？如何是學人初下手時便離四句、絕百非念佛？如何是念佛人最後極則淆訛處腦後一錘？從來宗門語句，壁立萬仞，一涉淨土，定屬廉纖。冀和尚將向來自性彌陀、唯心淨土等語，撇向一邊，親見如來境界，快說一番，震動大千世界。」

大師答言：「向上一著，非淨非禪，即禪即淨，才言參究，已是曲為下根。果大丈夫，自應諦信是心作佛，是心是佛。設一念與佛有隔，不名念佛三昧；若念念與佛無間，何勞更問阿誰？……淨土極則事，無念外之佛為念所念，無佛外之念能念於佛；正下手時，便不落四句百非，通身拶入；但見阿彌陀佛一毛孔光，即見十方無量諸佛；但生西方極樂一佛國土，即生十方諸佛淨土，此是向上一路。若舍現前彌陀，別言自性彌陀；舍西方淨土，別言唯心淨土，此是淆訛公案。

經云：‘三賢十聖住果報，惟佛一人居淨土’，此是腦後一錘。普賢十大願王，導歸極樂，誰敢收作權乘？憶佛念佛，不假方便，自得心開，誰謂定屬廉纖？但能深信此門，依信立願，依願起行，則念念流出無量如來，遍坐十方微塵國土，轉大法輪，照古照今，非為分外，何止震動大千世界而已。」答語明快犀利。

大師回答弟子恭請心要之問，答云：心要莫若念佛。念佛心即是佛。是故念一聲，有一聲佛名顯現 ；念十百千萬聲，有十百千萬佛名顯現；而不念時便寂然。念性既是緣生無性，則無性不礙緣生。倘不念佛，正恐又生種種雜念；縱不生雜念，亦恐墮在無生窠臼。故必以佛號生我之念，使我念念不離佛號，此乃心外無佛，佛外無心；是心作佛，是心是佛。

果如此信得及，直下念去，則諸佛出廣長舌相以證之。若人專念彌陀佛，號曰無上深妙禪。至心想像見佛時，即是不生不滅法。金口誠言，可不信哉！

大師從「一即一切」的圓頓理念出發，判言念佛法門乃總持一切的妙法。《示念佛法門》云：「豈知念得阿彌陀佛熟，三藏十二部極則教理，都在里許；千七百公案向上機關，亦在里許；三千威儀，八萬細行，三聚淨戒，亦在里許。

真能念佛，放下身心世界，即大佈施；

真能念佛，不復起貪瞋癡，即大持戒；

真能念佛，不計是非人我，即大忍辱；

真能念佛，不稍間斷夾雜，即大精進；

真能念佛，不復妄想馳逐，即大禪定；

真能念佛，不為他歧所惑，即大智慧。」

這段文句與蓮池大師的「一句阿彌陀佛，賅羅八教，圓攝五宗」之說，同一韻致。