(一)位於日本橫濱市鶴見區鶴見町。山號諸岳山。為日本曹洞宗大本山。天平年中（729～749），日僧行基於能登（石川縣）鳳至郡創建諸岳寺，又作諸岳寺，屬於真言律宗（或謂屬白山天台系）。後以元亨元年（1321）住持定賢歸依曹洞宗太祖瑩山紹瑾，遂改律院為禪剎，號總持寺，並禮請紹瑾為開山祖師。翌年，後醍醐天皇敕本寺為曹洞宗出世道場。四年三月，製定諸岳山十條之龜鏡，規定嗣法門人輪番住持等條例。

四年七月，紹瑾讓席予法嗣峨山紹碩，紹碩擴張寺規，奠定本寺基礎，舉揚宗風，興盛一時，而與越前之永平寺併列。二寺遂互爭本山之地位，至元和元年（1616），乃定總持寺為能本山，永平寺為越本山，併稱兩大本山。

安永元年（1772）十一月，值開祖紹瑾四百五十年遠忌，敕賜「弘德圓明國師」之謚號，此為洞門有國師號之始。

明治三年（1870）廢舊有之輪住制，新立獨住制，以栴崖奕堂為獨住第一世。五年，與永平寺結盟約，共稱大本山。十二年，再與永平寺結盟約。三十一年，罹回祿之災，諸堂悉成灰燼。四十年，第四世牧牛素童將寺基移轉今地，翌年始興工事。大正十二年（1923）關東大震災，諸堂幾皆倒潰，後再逐漸修造。

今有敕使門、傳道館、大僧堂、東部役寮室、三寶殿、鐘鼓樓、茶處、寶物館、倉庫、西部役寮室、東司、一文字廊下、觀音大銅像等，境內又有羯林、三松關、千光城、吹上墀等十境，為關東一大巨剎。

本寺並經營三松學林（山內）、光華女學校、鶴見高等女學校等，作育英才。又開設鶴見社會館、鶴見公益質屋等社會事業、另於能登之舊地，置別院與三個支院。

西元一九七五年，我國唐代禪師石頭希遷之肉身為日本佛教界所發現，今即供奉於鶴見之本寺。此外寺寶尚有紙本着色提婆達多像、刺繡大法被等。［總持寺文書、大本山總持寺要覽］

(二)位於日本攝津國三島郡三島村。山號補陀落山。屬於日本古義真言宗。寬平二年（890），藤原山陰從我國購得白檀香木，遂造千手觀音像，後即建寺安置觀音像，此為總持寺創建之因緣。曾遭兵火焚燬而重新建造；今有本堂、護摩堂、經藏、鐘樓、藥醫門、庚申堂、藥師堂、庫裡、寶藏等。［三國傳記卷七］

(三)位於日本紀伊國海草郡野崎村。山號受陽山知足院。屬日本淨土宗西山光明寺派，即西山派七檀林之一。寶德二年（1450），由明秀光雲所創建。今有本堂、釋迦堂、開山堂、經藏、鐘樓等。寺中珍藏絹本着色阿彌陀三尊像板裝三幀（傳為真如親王所繪），被編為日本國寶。［淨土傳燈總系譜卷下］

(四)位於日本近江國波田郡南鄉里村。山號醫王山。屬於日本新義真言宗豐山派。相傳於天平年中（729～749）為日僧行基所開創。永享五年（1433）列為敕願所，蒙賜「總持院」之號。元祿五年（1692），有末寺八十七、孫末寺五十，其後逐漸衰微，現有末寺三十二、孫末寺十四等。現存之堂宇有本堂、庫裡、客殿、書院、鐘樓、寶庫等。有絹本着色愛染明王像一幅、木造聖觀音立像一尊等被編為國寶。［近江國輿地誌略卷八十］

(五)位於日本東京都足立區西新井町。山號五智山遍照院。屬於日本新義真言宗豐山派。相傳為日本真言宗開祖空海所草創，原位於千住五丁目，後移往現址。有大師堂（本堂）、仁王門、書院、方丈、客殿、鐘樓、榮螺堂、不動堂、女人堂等建築。寺內供奉之本尊為空海之像，古來稱為「厄除大師」，參詣者絡繹不絕。［江戶名所記卷二］ p6486