(一)我國黃檗山萬福寺。黃檗山位於福建福清縣西南十七公里之處，以山多檗木，故有此稱。其上有乳香岩，岩間有飛瀑懸空，甚為壯觀。本寺建於唐德宗貞元五年（789），原名般若堂，後改名建德禪寺，曾以禪宗道場而名聞遐邇。該寺之隆盛，於宋代達於最高峰，至元代漸趨衰微。明神宗萬曆四十二年（1614），蒙御賜藏經，並敕額「萬福禪寺」，重建諸堂，遂得復興。明末隱元禪師曾居於此。民國十七年（1928）因山崩，寺毀，今僅存法堂。然寺後之丘陵上，尚存黃檗宗歷代僧侶之無縫墓塔，墓塔系以整塊石頭造成而無縫棱級層，又稱卵塔。

(二)日本黃檗宗之大本山。山號黃檗山。位於日本京都府宇治市。系德川家綱為我國明代僧隱元所建者，為日本黃檗宗之根據地，頗為興盛。寺中建築皆采明代之規制，凡山門、天王殿、佛殿、法堂皆併列成一直線，為寺之中心，其左右另有諸堂排比一起。匾額及聯柱有隱元、木庵等高僧之文字。背後山腹藏有黃檗版大藏經。 p5545