為日本禪宗三派之一。明代永曆八年（1654），我國黃檗山萬福禪寺之隱元隆琦（1592～1673）應日本長崎興福寺逸然之邀請，與獨湛相偕至長崎弘揚臨濟禪。四年後，謁見德川家綱，翌年受賜山城國宇治之寺地。其後三年，於當地開黃檗山萬福禪寺，創黃檗宗，與日本臨濟宗、曹洞宗並為日本禪宗三派。四年後，由弟子木庵性瑫繼承萬福禪寺。隱元轉至江戶白金創建瑞聖寺，並於近江正明寺等處大弘禪風，此宗遂傳於關東。然萬福寺在第五代高泉中興之後即逐漸衰微。至嘉永四年（1851），始由第三十三代良忠重整宗門，宗風復甦。明治七年（1874），與臨濟宗合併。二年後，又告獨立。此宗以萬福寺為大本山，另有五百餘寺。其宗規開示正法眼藏、實相無相之法門。此外又以教禪一如為其宗旨。隱元於中國承繼臨濟宗楊岐派之禪風，主張禪淨一致，宣揚西方阿彌陀佛淨土信仰，鼓吹念佛禪，而異於日本其他禪宗之宗風。復認為「萬法唯心，心外無別法」，「己身彌陀，唯心淨土」，又與一般淨土信仰不同；且以漢音諷經，於法會與修行方式上仍保留明代風格。［黃檗宗鑒錄、佛教各宗綱要卷九］（參閱「臨濟宗」6507） p5375