即相對於顯教所詮釋五大為有為無常之法；於密教則以五大為諸法之本體所立之法，係如來之三昧耶身。三昧耶，為本誓、標幟之義；即以地、水等五大標幟法身如來無相三密之妙境界內容，以及法身之本誓；此即所謂密號名字。密教胎藏界以五大色法為大日如來之理法身。其種子為 （a，阿）、 （vi，尾）、 （ra，羅）、 （hūj，吽）， （khaj，欠）等，或 、 （va，嚩）、、 （ha，訶）、 （kha，佉）等，即五方五佛之種子。亦即以此五大配於五方之五佛。唐代善無畏譯之尊勝儀軌載，以地、水、火、風、空順次配當東、西、南、北、中，即始覺上轉之修生金剛界東因之義。唐代不空譯之宿曜經，則以空、風、火、水、地配東、西、南、北、中，即依本覺下轉之本有胎藏界中因之義。此二種說法之圖示、解說如下：

(一)尊勝儀軌之義

尊勝儀軌之五大乃依「東因發心」之義：(1)地大，配東方阿閦，為發心之位；即以修生之菩提心為因，生起大悲之萬行，猶如地為生萬物之根本；又菩提心堅固不動如地，故阿閦之標記為不動。其大圓鏡智之任持一切諸法與地之能任持萬物相應；位於東方，表示修生之始；黃色為不變色，即與菩提心之不變相應。(2)水大，配西方彌陀，為成菩提之位；此菩提心之自性清淨及無量光之究竟圓明，猶如水之圓明。其妙觀察智、說法斷疑之德，猶如水之能洗滌塵垢；位於西方，與行證之終極相應；白色與無量光相應。(3)火大，配南方寶生，為修行之位；以其修成萬行，猶如火熱能成熟萬物；其平等性智，斷滅一切虛妄差別，使之平等一如，猶如火之能燒盡萬物。(4)風大，配北方不空成就，為入涅槃之位；即表示涅槃之寂滅萬物，猶如風大之能破壞萬物；位於北方，與涅槃之高位相應；黑色與涅槃之幽然深妙相應。(5)空大，配中央大日，為方便究竟之位；表示大日圓成四德，含容自利利他之一切功德，猶如虛空之含容一切萬象。其法界體性智之週遍法界，廣大無邊，亦同此意；位於中央，與週遍法界相應；青色與含容一切相應。

(二)宿曜經之義

宿曜經之五大乃依「中因發心」之義：(1)地大，配中央大日，為發心之位；此乃表示以本有之菩提心，堅固不動，為諸法本源之體性，其性猶如大地；亦如法界體性智之為諸法本源；黃色與菩提心之不變相應。(2)空大，配東方阿閦，為修行之位；修萬行，行行圓具而無缺少，猶如虛空之含容萬物；亦如大圓鏡智之含容萬象；其為東方者，以東方為萬物之始，故與萬行之始相應；青色含容五色，故與含容萬行相應。(3)風大，配西方彌陀，為涅槃之位；阿彌陀意譯無量光，乃表示涅槃之德；其妙觀察智、說法斷疑生信之功用，與風大之能殺能成二德相應；相對於東方為萬物之起首，西方則為萬物之終歸，意即涅槃；白色與無量光相應。(4)火大，配南方寶生，為成菩提之位；以其萬行成熟，開菩提之花，猶如火熱之於草木；故配於南方為赤色。(5)水大，配北方不空成就，為方便究竟之位；此以利他之方便成就利他之妙業，能應眾生之機，斷除迷妄，猶如水之方圓隨器，能洗滌塵垢；北方，印度之俗為勝方，故與究竟位相應；黑色為染色之至極，與究竟位之至極相應。［大日經卷三悉地出現品、卷五阿闍梨真實智品］（參閱「中因發心」1017、「東因發心」3295、「阿字五轉」3613） p4486