(一)位於江蘇江寧。創建於南朝宋文帝元嘉年間（424～453）。經過會昌法難，於唐代大中年間（848～859）復興，改稱報先院；南唐升元年間（937～942）改稱興玆寺。又宋代太平興國年間（976～983）改名承天寺；宋政和年間（1111～1117）改名能仁寺。

(二)位於江西九江東部。創建於南朝梁武帝（502～549）時代，初名承天院。明代弘治二年（1489）改稱能仁寺。後多次擴建，現存建築多為清代同治九年（1870）復建。系九江三大叢林之一（另二為龍池寺、舍利寺，今已荒廢）。面積約三千平方公尺。內有大雄寶殿、鐵佛殿、左右禪房、藏經樓等古建築，及大勝塔、雙陽橋、飛來石船、雨穿石、冰山、雪洞、誨爾泉等七景，為九江著名之古建築群。其中大勝塔位於能仁寺大雄寶殿東南側，建於東晉，後漸荒廢，唐代大歷年間（766～779）白雲守端禪師重建。幾經兵火毀壞，復修建。塔共七層，高四十二點二六公尺。其左側底層鑲嵌石碑一座，係同治十一年白景福所譔之重修大勝寶塔碑記，千餘年來飽經地震及風雨剝蝕，仍巍然屹立。

(三)位於江蘇吳縣。據傳開山祖為雪竇重顯之弟子，即雲門宗之傳宗。宋代稱承天寺，明代改稱能仁寺。因寺內有二土阜突起，故又稱雙峨寺。

(四)位於浙江雁蕩山之西內谷丹芳嶺下，即四十九盤嶺。相傳諾詎那為開山祖。宋太平興國元年（976），僧全了入山結庵而居，題名芙蓉庵，至咸平二年（999）始建殿宇。四年，寺僧進百寶塔，賜名「承天寺」。紹興十二年（1142），郡守閻丘昕奏改「能仁禪院」，遂為雁蕩山大道場。［中國佛寺志雁山誌卷二］ p4291