即根本主尊。指修行佛道所依之無始以來本有，且於出世間為最勝最尊者。或指在一堂、一寺所供奉之諸多尊像中特殊而主要者，即以其尊為本而尊崇之。又為別於在中尊左右及其周圍以表中尊功德之脅侍及親近隨從之眷屬等，亦稱為中尊。

在印度，原供奉釋迦牟尼佛像。又以歸依佛、法、僧三寶之故，而稱為三尊。古代印度則雕刻菩提樹、金剛座、法輪、佛塔、佛足等以代替佛像。蓋藉標幟顯示尊形，與刻畫尊形，二者之意義不同。至密教興起後，即以字、印、形等表顯佛菩薩。

一般寺院對於本尊之安置，均視其創立之目的及願主之信仰而定，故本尊亦各有不同，如日本之法隆寺金堂、興福寺西佛殿等供奉釋迦如來，延曆寺根本中堂、金剛峰寺金堂等供奉藥師如來。淨土宗、日本淨土真宗則以阿彌陀佛為其本尊，據梁高僧傳卷六載，慧遠最早於廬山般若精舍安置阿彌陀佛像。而各宗派之中，亦大多有其一定之本尊。又安置本尊之堂稱為本堂，並有依其本尊之稱號而命名為阿彌陀堂、藥師堂等名稱。

密教中，以大日如來為普門本尊，其他諸佛菩薩則為一門本尊。並依修法之種類與目的之不同而各有不同之本尊。本尊大別有字、印、形等三種，且各有無相與有相之分。字者，如 （vaj）、 （hrīh）、 （hūj）等，為大日如來、阿彌陀佛、阿閦佛等之種子。印者，如觀世音之蓮花、辯才天之琵琶等三昧耶形。形者，指相好具足之尊形。其中，有相本尊乃指在自己之外別立本尊，為諸尊中之最尊貴者，或指自己與其結緣後長久崇敬有加之佛菩薩。無相本尊則指以自身為本尊，生來即具足功德，為世間、出世間之最上者（即唯我獨尊）。密教認為佛與自己互相涉入（入我我入），成為一體之極致。故在修法上，本尊之加被力與行者之功德力互為一體，其所行之加持，稱為本尊加持。又於道場觀中，觀想本尊之相好，稱為本尊觀。

淨土教古來即以阿彌陀佛或彌陀三尊（阿彌陀佛與觀音、勢至）為本尊。日本淨土真宗則於繪像、木像為本尊之外，另以名號為本尊。其名號有六字（南無阿彌陀佛）、九字（南無不可思議光如來）、十字（歸命盡十方無礙光如來）等三種。蓮如以為真宗較重視名號本尊，繪像次之，木像又次之。此外，真宗尚有將印度、中國、日本等諸祖先德繪於一幅者，稱為光明本尊。

日本日蓮宗專崇法華經，故以法華經之題目「南無妙法蓮華經」為本尊，或以日蓮所繪之十界勸請大曼荼羅為本尊，或以本門之釋迦及本化之四菩薩相為本尊。又日蓮宗稱本尊、題目、戒壇為三大秘法，然本尊須定於人或法，古來即有議論。初期謂二者有異，以佛像為人本尊，以十界曼荼羅為法本尊，而以法本尊為主；日導以後則不以為本尊有不同之二種，主張以無作三身之釋迦本佛為本尊，其他本尊僅是本尊之廣略、木刻與繪畫之不同而已。其中，木、畫之本尊系依眾生之性質能力等而作適宜之安排。木本尊乃為方便信行而設，故稱教門本尊；而十界曼荼羅等畫本尊則為便於行法而設，故稱觀心本尊。［六度集經卷四、大日經卷六說本尊三昧品、大日經疏卷三、卷二十、秘藏記、吾妻鏡卷二十六、祖書綱要刪略卷七］（參閱「普門」4986、「廣略本尊」5995） p1969