真言之阿等一字，生無量之義，譬如草本之種子，故名種子。諸尊各有種子，幖所具之眾德。仁王經軌曰：‘言種子者，引生義，攝持義。’
　　‘兩界種子’　金胎兩曼之種子也。秘藏記曰：‘胎藏界以真言初字為種子，胎藏因曼荼羅，故以初因為法體意也。金剛界以真言終字為種子，金剛果曼荼羅，故以後果為法體意也。’
　　‘三部種子’　瑜只經曰：‘佛部以阿□為種子，成率都婆。蓮華部以娑□為種子，成八葉蓮華。金剛部以嚩□為種子，成五股金剛。’