(一)位於日本奈良市西京。又稱西京寺。為日本法相宗大本山之一，南都七大寺之一。天武天皇（673～686 在位）為祈願皇后（後即位為持統天皇）疾愈，於藤原宮創建本寺。元正天皇養老二年（718）， 因營建平城京（奈良），與諸大寺移建至現址，堂塔完備，蔚為大伽藍。自天長七年（830） 起，勤修最勝會（南京三會之一）。

天延元年（973） 遭火災，除佛殿、東西二塔外，餘皆焚燬。後經數度重建，今除東塔外，他如佛殿、講堂、東院堂等，皆江戶時代之建築。東塔為三重塔，每層各附有裳層，狀似六重塔，為奈良前期之遺構，以九輪上部附加水煙之天人圖案為最美。佛殿所供奉之三尊藥師佛像，亦為奈良前期金銅佛像鑄造中之傑作，雖遇災變，其表面猶顯黑亮之光澤。東院堂之觀音立像亦為同期所作。吉祥天畫則為碩果僅存之天平繪畫。此外尚藏有慈恩大師圖像，及數尊平安初期之佛像。［日本書紀卷二十九、卷三十、藥師寺緣起］

(二)位於日本木縣河內郡南河內町。為日本古時三戒壇之一。創建於天智天皇九年（670），一說天武天皇二年（674），或大寶三年（703）。後一度衰廢。鎌倉時代，密嚴復興之。今屬新義真言宗智山派。寺之北方山林中，有中國唐代僧鑒真和尚之碑。［續日本紀卷十九、卷三十、東大寺要錄卷一］ p6693