佛教傳入蒙古最遲在元憲宗蒙哥之世（1251～1259 在位），成為普遍信仰則始於忽必烈時代，在此以前，蒙人仍多信仰薩滿教，且有基督教活動之跡象。元世祖忽必烈於至元二十二年（1285）命八思巴等參對勘定漢、藏兩種藏經，撰成「至元法寶勘同總錄」。元成宗信佛極篤，故有必蘭納識裡代帝出家，且奉敕翻譯梵經為蒙文。元武宗至大三年（1310），西藏高僧法光入蒙，增訂蒙古新字，又有中國、回鶻學者譯西藏藏經為蒙文。嗣後歷仁宗、英宗、晉宗、明宗、文宗、順帝，歷代皆崇信西藏佛教。明太祖興起（1368），元順帝北退後，蒙古佛教一時衰落，經百數十年，始有西藏黃教傳入蒙古，蒙古佛教遂再復興。

明代萬曆五年（1577），內蒙古俺答汗遣使入西藏，迎請第三世達賴喇嘛巡錫蒙古，並於綏遠歸化城，為達賴建寺，此即黃教盛行內蒙之始。而外蒙古開始有黃教，則為阿巴岱汗之功。阿氏嘗延請三世達賴之大弟子大慈邁達裡呼圖克圖於喀爾喀圖拉河邊一寺宣揚佛法，頗受蒙人之崇仰。而第一世哲布尊丹巴呼圖克圖（藏 Rje-btsundam-pa, 1635～1723）之出現，益使外蒙佛教光大。清代乾隆二十二年（1757），第二世哲布尊丹巴（1724～1757）於庫倫創辦札尼特高等宗教學院，僧侶雲集，庫倫遂成外蒙政教中心、蒙古喇嘛教育聖地。此後，清代諸帝對歷世哲布尊丹巴均厚加禮遇，光緒四年（1878）情況驟變，庫倫滿洲大臣志剛，強要八世哲布尊丹巴（1870～1924）對辦事大臣起立相迎，此後，清蒙關係惡化，清朝大肆破壞蒙古佛教勢力，迨清朝覆亡，外蒙遂宣布獨立（1912）。哲布尊丹巴呼圖克圖則於庫倫自稱皇帝，成立大蒙古國。

與哲布尊丹巴同時之內蒙宗教領袖為章嘉呼圖克圖（藏 Lcav-skya），即為應內蒙各部之請而自藏入蒙之五世達賴弟子章嘉呼圖克圖。章嘉歷世內附清朝、民國政府，常駐錫多倫、北京、五台山三地。雍正帝更嘗自言其於禪之造詣即得力於章嘉。民國四十六年示寂於台北之十九世章嘉，曾任蒙藏委員會委員、蒙旗宣化使、國民政府委員、總統府資政等要職。

蒙古佛教最盛時期，喇嘛約佔住民人口三分之一（二十世紀初），其重鎮則系距烏蘭貝多（Ulan Bator）二百五十哩處，建於一五八四年之厄丹尼珠寺（Erdenī Dzu）。由於蒙古佛教傳自西藏，故其宗教儀式、寺院組織、活佛轉世等，多同於西藏。［世界佛教通史上冊（聖嚴）］ p5907