梵語 bīja，巴利語同。(一)如同穀類等之由其種子所生，色法（物質）與心法（精神）等一切現象亦有其產生之因種，稱為種子。穀類之種子稱為外種；對外之種子而言，唯識宗將種子攝於阿賴耶識中，稱為內種。內種子係指其生果功能而言（生果作用），乃為現行諸法（現在所顯現之諸現象）薰習於阿賴耶識中而形成一特殊之習性者，故又稱習氣或餘習。

種子之說，原為一種譬喻，最早見於雜阿含經。部派佛教中之化地部亦謂，於「窮生死蘊」之識中，常藏有色法與心法之種子；對此，經量部認為色法與心法互為種子而具有薰他之性質，故主張「色心互薰」之說。於瑜伽師地論中，立阿賴耶識為「種子識」，並謂此識能生色、心、善、惡等一切諸法，而藏有一切種子。

「種子」一詞，其後成為大乘唯識學重要術語之一。據成唯識論卷二之說，於阿賴耶識中，能同時生起七轉諸法現行之果，又具有令自類之種子前後相續不斷之功能；即能生一切有漏、無漏、有為等諸法之功能者，皆稱為種子。如同植物之種子，具有產生一切現象之可能性。種子藏於阿賴耶識中，前者（種子）為因、作用，後者（阿賴耶識）為果、本體。然種子自身並非一客體，而系一純粹之精神作用。

自類別而言，種子可分兩種：(一)能產生諸現象（眾生之迷界）者，稱為有漏種子。(二)能生菩提之因者，稱為無漏種子。有漏種子復可分為二類：(1)能產生與種子同種類之現象者，稱為名言種子、等流種子、等流習氣。(2)可幫助名言種子，以善惡業而產生異熟作用者（即具有產生當來有漏果之功能），稱為業種子、異熟種子、有支習氣、異熟習氣。上述之中，名言種子系一切諸法之「親因緣」種子，乃以名言為緣所薰成之種子，又分成表義名言與顯境名言兩種。表義名言種子，指於名言（名、句、文等）中詮表諸法之義者；第六識即緣此名言，隨其語言音聲而變現一切諸法之相狀，由之所薰成之種子。顯境名言種子，指緣前七識之見分（認識諸法相狀之作用）為境，隨緣所薰成之種子。若就現行所受用之情形而言，名言種子又有共相與不共相二種名言種子。共相名言種子，如日月、星辰、山河、大地等，舉凡可供自他共同受用者，是為共相；能生起此類共相境界之種子，皆稱為共相名言種子。自相名言種子，例如各人之身體，僅能供一己受用；能變現此等自相之種子，稱為自相名言種子。又就作用而言，共相與不共相之名言種子均由共業與不共業之業種子為之資助，始能招感其相，即共業種子資助共相種子，始能招感共相；不共業種子資助不共相種子，始能招感不共相。准此可知，大乘唯識之宗義，乃謂無論依報、正報等一切萬法皆由種子所變現者。

另據成唯識論卷二、梁譯攝大乘論釋卷二之說，種子具有六項條件，稱為種子六義，即：(一)剎那滅，由於無常而有生滅之變化。(二)果俱有，果者，識與根。識與根同時俱起，互不相離。(三)恆隨轉，識起時，種子亦隨而轉動，無有間隔。(四)性決定，諸識所緣之善、惡等性，必有因果，而無有間雜，譬如眼識緣惡境則成惡法而不能成善法。(五)待眾緣，識非為一因而生，必藉外緣方能產生現行。(六)引自果，色（物質）與心各自引生自果，色法由色法之種子所生，心法由心法之種子所生，並非交互而成者。

至於種子生起之情形，依歷來各種主張，可歸納為三說：(一)本有說，護月之主張，稱為「本有家」。(二)新薰說，難陀、勝軍之主張，稱為「新薰家」。(三)新舊合生說，護法之主張，稱為「新舊合生家」。唯識宗系以第三說為正說，即認為種子有二類：(一)本有種子，即自無始以來，先天存在於阿賴耶識中之種子，又稱本性住種。(二)新薰種子，即由後天現行諸法所薰習成之種子，又稱習所成種。諸法之發生，除初入「見道」剎那之無漏智，僅從本有無漏種子生起外，其餘一切法無不由本有、新薰二類種子和合而生。蓋唯識宗對於由「種子」變現成「諸法」之關係，最重要者即為：由「三法」所構成的「二重」因果說。所謂三法，即指「能生之種子」（本有種子）、「所生之現行」、「所薰之新種」（新薰種子）；所謂二重因果，即指「種子生現行」、「現行薰因種子」。此三法同時輾轉互成二重之果，即一種子既為同一剎那間之「現行之因」，亦為後一剎那之「種子之果」，故又可稱為「種子生種子」。當色、心之諸緣和合時，阿賴耶識所持之種子必令當前之外界產生某種現象，此即「生起現行」；於同一剎那，其現行之法必隨所應而薰種子，此即現行薰種子。就八識而論之，則第八識所持之種子為因，生起眼等之七轉識；同一剎那，七轉識之現行法亦為因，而生起第八識之種子，故有所謂「七轉、八識，互為因果」之說。

此外，唯識宗之另一宗義「五姓各別」說，乃依據本有無漏種之種別及其有無等問題而建立者，即主張一切有情眾生自本有以來即具有聲聞種姓、獨覺種姓、如來種姓、不定種姓、無性有情等五種不同之類型，各有所別，而不可轉變改易；此一主張相對於一乘家「眾生悉有佛性」之說。［解深密經卷二、俱舍論卷四、卷五、瑜伽師地論卷五、卷五十一、卷五十二、顯識論、顯揚聖教論卷十七、成唯識論述記卷七末、瑜伽論記卷十三上、卷十三下］

(二)密教中，表示佛、菩薩等諸尊所說真言之梵字。乃真言行者修字輪觀時所觀照者。又作種字、種子字。所以稱種子者，乃因其具有「自一字可生多字，多字復可賅攝於一字」之意。故知「種子」一詞，含有引生、攝持之義。例如合十字為一句，若以第一字為種子，則可依之引生下面九字所具有之觀智，同時此九字之意義亦可攝入第一字。密教即以此理表示若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能於一字專注行觀，修諸行願，即能於一切行願皆得圓滿。

一般而言，種子具有三義，即：(一)了因義，譬如由煙而識火之體性；經由觀種子之字門，即可了知佛智。(二)生因義，譬如由穀類等之種子可生出根莖花果等；由種子可生三昧耶形。(三)本有義，意謂字門即諸法之根源，具足本來之性德，而可作為軌範者。以具足上述三義，故密教諸尊多以之為表徵。

諸尊之種子，就來源而言，有下列數種：(一)較常見者，多採取真言之第一字，例如胎藏界大日如來之種子為 ，月天之種子為 ，水天之種子為 。(二)以真言之中字為種子者，如地藏之種子 。(三)亦有採用真言之終字為種子者，如金剛界大日如來之種子 ，釋迦之種子 。(四)取梵號以為種子者，如文殊之種子 ，藥師之種子 。(五)取自與本誓相應之用語，如聖觀音之種子 ，係取自 samantamukha（普門）一語。(六)真言與梵號並取者，如阿彌陀佛之種子 。

除一尊各別之種子外，另有共通於此類諸尊之種子，稱為通種子，例如金剛界五部，各以其主尊（大日、阿閦、寶生、彌陀、不空成就）之種子為其各部之通種子。又種子並不限於諸尊所用，一切法門悉得建立種子，如五大各有其種子：地之種子為 （阿字門），水為 （縛字門），火為 （囉字門），風為 （訶字門），空為 （佉字門）。此外，書寫種子之曼荼羅，稱為種子曼荼羅；以種子觀行，則稱種子觀。歷來有將密教經軌中諸尊之種子輯錄成諸尊種子真言集、種子集等。［仁王經道場念誦儀軌卷下、大日經疏卷一、卷六、卷十、卷十四］ p5863