全稱二種種子。真言之阿等一字，生無量之義，譬如草木之種子，故稱種子。瑜祇經疏卷二（大六一·四九五上）：「佛部以 （阿）為種子，成率都婆；蓮花部以 （囉）為種子，成八葉蓮花（中略）若秘密法品以 （娑）為蓮花部種子；金剛部以 （嚩）為種子，成五[月*古]金剛。」

唯識家言，種子是由前七轉識熏習所成，與能、所熏不可分割（前七識為能熏，第八本識為所熏），而表現為體與相、因與果之關係。亦即種子依附在本識體上，成為本識相分之一分；同時種子隨逐本識潛滋暗長，一遇現緣引發，便騰躍而生，現起轉識，是之謂由種子生起現行。譬如人體之行動，口中之語言，心裡之意想，都能印在心中，稱為業，或稱種子，遇緣之助力即能發起現行。

(一)約唯識宗言，依種子之性質，分為二類：(1)名言種子，係依名言熏習第八識之種子，乃為一切善惡諸法顯現之親因緣。(2)業種子，第六意識善惡業之種子，具有助長其他羸弱、無記種子現行之功能。

(二)依種子之生起而分，有二，即：(1)本有種子，即無始以來，在第八識中產生蘊處界之功能者。(2)新熏種子，即無始以來，由現行之前七識，熏習第八識後所聚集染淨之種子。

(三)依漏之有無，復可分為有漏種子與無漏種子二種。［成唯識論卷八］（參閱「種子」5863） p221