(一)凡三卷（下卷缺）。南朝陳代慧達撰。又稱肇論吳中集解。收於卍續藏第一五○冊。為肇論之註釋書中最古者，其釋義之順序非按照本文，僅取本文之重點加以解釋，雖皆過於簡略，猶不失其重要性。

(二)凡三卷。唐代元康撰。收於大正藏第四十五冊。成書年代僅次於慧達之肇論疏。於眾多肇論之註疏中，以解釋忠實於本文而受重視。本書首先詳細解釋慧達所作之序，繼之順次闡釋本文，內容為：卷上有宗本義、物不遷論、不真空論；卷中有般若無知論、隱士劉遺民書問、答劉隱士書；卷下有涅槃無名論、表上秦王姚興。宋代遵式之注肇論疏及曉月之夾科肇論序等，引用本書之處甚多。開元二十三年（735），揚州白塔寺玄湜曾將本書重新勘校。［東域傳燈目錄卷下、諸宗章疏錄卷一］ p5901