(一)位於河北房山縣西南雲居山（石經山）東峰。又稱石峪寺。隋代大業年中，幽州沙門智苑發願以房山之石造一切經藏，乃鑿岩為石室，磨四壁以寫經，又取方石刻經書，藏於石室內而密閉之。當時，有煬帝之後助成其業，朝野亦爭相喜捨金品，遂得竣工。唐代貞觀十三年（639），智苑示寂於該寺，玄導、儀公、暹公、玄法等繼其刻經之業。開元年中，金仙公主命人加以修葺，並於五峰之頂各造一白石小塔，賜新舊譯經四千餘卷及莊園。唐末五代時曾一度中斷，至遼時，再興刻經之業，延續六十餘年，完成大藏經之大半。明太祖洪武二十六年（1393）、英宗正統九年（1444）曾兩度重修之。如此，由智苑點燃的護法之燈，歷經隋、唐、遼、金、元、明六代終於完成。而漢、滿、蒙、西藏各族，亦直接、間接參與此項聖業。凡刻經一千餘部，經版一萬五千餘塊，分藏於石經山九個石洞及雲居寺西南之地穴中，除少數因風化殘損外，大部分皆完整。

現存堂塔頗多，寺之西南有以磚築成之十一層塔，係遼天慶七年（1117）所建，稱為壓經塔，亦稱南塔。塔下埋藏無數石經。寺於抗日戰爭時毀於炮火，現僅存北塔及其四隅之小石塔。又1987年四月政府宣布在本寺發現裝有佛陀舍利的兩個金缽，據傳，此二缽於隋煬帝時即藏於本寺山洞中。［法苑珠林卷十八、小西天石經堂記、續秘藏石經塔記、古今圖書集成職方典第十一］

(二)位於河北涿縣城內東北隅。城內有磚塔兩座，城北之塔位於本寺，其建造年代無確實記載，然據金正隆五年（1160）雲居寺重修釋迦佛舍利塔碑記載，此塔建於遼大安八年（1092），而與城南之智度寺塔南北遙峙。北塔呈八角六層之形，一反佛塔之層數多為奇數之慣例。塔以磚砌，斗栱富於變化，造型優美，與南塔同為遼代建築之代表。

(三)位於江西永修西南十七公里處之雲居山上。又稱飛白寺、真如寺、龍昌寺。建於唐代元和年間。宋代祥符年中，受敕額「真如禪院」。後廢毀，明代萬曆年間復重建。開山為洞山良价之法嗣道膺，其後歷住者有道簡、懷岳，佛印了元亦曾居此。［大清一統志卷二四三］ p5330