指密教之金剛界、胎藏界兩部。略稱兩部。於「一心法界」之上，立理平等與智差別二門，以顯其理智之應用無窮。詮說智差別之經軌為金剛頂部，詮說理平等之經軌為胎藏部。金剛頂部以金剛頂經為根本經典，依此所畫之曼荼羅，稱為金剛界曼荼羅；胎藏部以大日經為根本經典，依此所畫之曼荼羅，稱為胎藏界曼荼羅。金剛界即智差別門，以金剛表之，象徵如來實智之堅寶，又稱智界；胎藏界即理差別門，以蓮花表之，象徵眾生本有之理性蘊含於大悲萬行之中，又稱理界。又金剛界為除障成身，自受法樂之行相，即轉九識而成就五智，故立五部；胎藏界為化度利生，他受法樂之行相，故立三部，開大定、大智、大悲三門，以引攝眾生。

有關兩部之三昧耶形，諸說各異，如：(一)金剛界以塔為三昧耶形，胎藏界以窣堵波為三昧耶形。(二)金剛界以多寶塔為三昧耶形，始藏界以五輪塔為三昧耶形。(三)兩部同以五輪塔為三昧耶形。又金剛界大日如來之種子為 （vaj，鍐），係五智融通之故；胎藏界大日如來之種子為 （ah，惡），係方便為究竟之故。而 （hūj）為金剛界之種子，（a，阿）為胎藏界之種子。金剛界以字門之末字為種子，表示「從本垂跡」之義；胎藏界以字門之首字為種子，顯示「從因至果」之義。另有一說則謂，字為胎藏界大日如來理法身之種子，字為金剛界大日如來智法身之種子，此二字即可代表金、胎兩部。又金剛界曼荼羅以月輪表示而用圓形，胎藏界曼荼羅以蓮花表示而用方形，兩者之理趣互異。

金剛界與胎藏界雖各立詮說，然理之外無智，智之外無理，色、心本不二；離金剛界別無胎藏界，離胎藏界別無金剛界，故金、胎兩部一體不二。金、胎兩部乃一體而不可分之說，始於密宗七祖惠果，其門人日僧空海將師之旨意傳入日本，真言宗遂產生兩部不二說，如東密之主張；台密則主張兩部對立，故於金、胎兩部外另立蘇悉地部，因蘇悉地經融合理、智，詮說兩部一體不二之旨，蘇悉地部之曼荼羅稱為雜曼荼羅。［大日經疏卷三、金剛頂大教王經疏卷一］ p3531